1.醫療機構病區和非病區的廢水，傳染病區和非傳染病區的污水應分流，不得將固體傳染性廢物、各種化學廢液棄置和傾倒排入下水道。
2.傳染病醫療機構和綜合醫療機構的傳染病房應該設化糞池，收集經消毒處理后的糞便排泄物等傳染性廢物。
3.化糞池應按高日排水量設計，停留時間為24-36h。清掏周期為180-360d。
4.醫療廢水中各種特殊排水應單獨收集并進行處理后，再進入一體化設備。
4.1低放射性廢水應經衰變池處理。
4.2洗相室廢液應回收銀，并對廢液進行處理。
4.3口腔科含汞廢水應該進行除汞處理。
4.4檢驗室廢水應根據使用化學品的性質單獨收集，單獨處理。
4.5含油廢水應設置隔油池處理。
5.醫院污水處理設備上面不要放置重物，不要行駛車輛，以防止出現坍塌危險。
6.必須注意污水中不得有大塊固體物質進入設備，以免堵塞管道與孔口及損壞水泵；進水口應設置格柵等過濾裝置。